到2007年止，全区新农合的筹资标准为每人每年50元，其中中央财政补助20元，自治区财政补助11元，市、县财政补助9元，农民自筹资金10元。今年，农民自筹资金10元不变，中央财政补助提高到40元，自治区、市、县财政提高到30元，因此人均筹资标准提高到了80元。到2009年，自治区财政补助将增加到23元，市、县财政增加到17元，农民自筹20元，届时人均筹资标准将达到100元。

筹集到的新农合基金将分为住院补偿基金、门诊补偿基金和风险补偿基金3部分。住院补偿基金占总基金的70%，主要用于解决农民因经济困难不敢看病或看不起病的问题。门诊补偿基金占总基金的20%，主要解决参合农民公平享有基本医疗的问题。风险基金是为防止新农合基金出现透支而设立的，占总基金的10%。

财政补助增加了对新农合资金的投入，参合农民获得的补偿待遇也相应提高。今年，农民在乡、县、县以上医疗机构住院，报销比例分别提高到75%、45%和35%。明年，住院报销比例将继续提高，分别为80%、50%和40%。此外，如果参合农民在新农合定点医疗机构使用中药、民族医药来诊疗疾病，报销比例还将提高10%。

封顶线是指新农合基金能够给予每个参合农民的最大补偿额度。从今年开始，一年内住院补偿基金封顶线从原来的4500元提高到1万元。门诊治疗、用药的费用也首次纳入补偿范围。按照原来的补偿方案，参合农民的门诊费用从家庭账户资金中扣除，用完为止，不再进行补偿。但是从今年起，一年内门诊治疗、用药费用累计超过3000元的，可以纳入住院补偿范围给予补偿。

目前，全区的农村医疗救助制度已经与新农合制度衔接起来，缴不起费的贫困人群也可以享受到新农合的待遇。据统计，到2007年底，全区已有88个县（市、区）通过资助农村五保户、低保对象等贫困群众参加新农合，实现了农村医疗救助与新农合的有机衔接。自治区民政厅方面表示，针对救助对象难以支付新农合起付线和其他自付费用的问题，今年各地的民政部门将大力推进预付、垫付或“医前救助”等救助方式，解决救助对象的实际困难。

各地民政部门还将无条件地资助农村五保户、低保对象等贫困人群参加当地的新农合，通过医疗救助基金，全额为他们缴纳参加新农合个人应负担的费用，使他们享受到新农合的相应待遇。对获得新农合最高限额报销后，个人负担医疗费用仍然比较重并影响到家庭基本生活的，民政部门还将按照当地农村医疗救助制度给予二次救助。